„Pan będzie między mną a tobą, między rodem twoim a rodem moim na wieki”
– 1 Sm 20,42
Nasze logo wskazuje na najważniejsze wartości, jakimi kierujemy się w Kompanii Jonatana.
Ludzie złączeni ramionami wokół krzyża oznaczają jedność między nami samymi a Bogiem oraz miłość, jaką się nawzajem darzymy.
Wolne miejsce u góry krzyża pokazuje naszą otwartość. Krąg nie jest zamknięty, ponieważ chcemy zachęcić jak najwięcej osób, aby do nas dołączyły. Zależy nam bardzo, by Kompania się rozrastała oraz żeby każdy jej członek znalazł w niej swoje miejsce. Całe logo symbolizuje historię, od której wzięła się nazwa Kompanii Jonatana, historię przymierza człowieka z Bogiem, jak i również człowieka z człowiekiem.